Os passos abaixo te ensinam a configurar o HSQL como um servidor como se fosse um MySQL da vida.

Faça o download o HSQLDB 1.x* e descompacte
No 2.x se você conectar com Driver 1.x dá “connection rejected”.

1 – INICIAR O SERVIDOR (TYPE=SERVER)

1.1 ) Configure o servidor

Crie um arquivo chamado server.properties com o seguinte conteudo

server.port=porta
server.database.0=file:/caminho/para/os/arquivos/do/banco
server.dbname.0=nomedobanco

Ex.:
server.port=9999
server.database.0=file:C:/opt/hsqldb/databases/meubanco/data/files
server.dbname.0=nomedomeubanco

Se o caminho fosse apenas C:/opt/hsqldb/databases/meubanco,
ele criaria dentro do diretorio ( C:/opt/hsqldb/databases ) os arquivos :
meubanco.lck
meubanco.log
meubanco.properties
Então o caminho C:/opt/hsqldb/databases/meubanco/data/files é apenas por questão de organização.

1.2 ) Inicialize o servidor

No diretório que você criou o arquivo server.properties…

set HSQLDB_HOME=C:\opt\hsqldb-1.8.1
java -cp %HSQLDB_HOME%\lib\hsqldb.jar org.hsqldb.Server

LOG QUE IRÁ APARECER ( SE DER TUDO CERTO ) :
C:\opt\hsqldb\databases\meubanco>set HSQLDB_HOME=C:\opt\hsqldb-1.8.1

C:\opt\hsqldb\databases\meubanco>java -cp C:\opt\hsqldb-1.8.1\lib\hsqldb.jar org.hsqldb.Server
[Server@83cc67]: [Thread[main,5,main]]: checkRunning(false) entered
[Server@83cc67]: [Thread[main,5,main]]: checkRunning(false) exited
[Server@83cc67]: Startup sequence initiated from main() method
[Server@83cc67]: Loaded properties from [C:\opt\hsqldb\databases\meubanco\server.properties]
[Server@83cc67]: Initiating startup sequence...
[Server@83cc67]: Server socket opened successfully in 16 ms.
[Server@83cc67]: Database [index=0, id=0, db=file:C:/opt/hsqldb/databases/meubanco, alias=nomedomeubanco] opened sucessfully in 250 ms.
[Server@83cc67]: Startup sequence completed in 266 ms.
[Server@83cc67]: 2010-09-02 15:40:58.202 HSQLDB server 1.8.1 is online
[Server@83cc67]: To close normally, connect and execute SHUTDOWN SQL
[Server@83cc67]: From command line, use [Ctrl]+[C] to abort abruptly

A variável de ambiente HSQLDB_HOME é opcional, pode colocar o caminho direto no comando.

SERVIDOR NO AR! FIM.

2 – INICIAR A GUI (TIPO MYSQL QUERY BROWSER)

set HSQLDB_HOME=C:\opt\hsqldb-1.8.1
java -cp %HSQLDB_HOME%\lib\hsqldb.jar org.hsqldb.util.DatabaseManagerSwing

Na janela “Connect” que abrir…
Recent Setting : (ignore)
Setting Name : (opcional, mas pode colocar um nome qualquer) ex.: nomedomeubanco@localhost:9999
Type : HSQL Database Engine Server
Driver : org.hsqldb.jdbcDriver
URL : jdbc:hsqldb:hsql://localhost:9999/nomedomeubanco
USER : sa
Password : (vazio)

3 – CONECTAR DE UMA APP JAVA

driver : org.hsqldb.jdbcDriver
url : jdbc:hsqldb:hsql://localhost:9999/nomedomeubanco
user : sa
pass : (vazio)

JPA
<property name="javax.persistence.jdbc.driver" value="org.hsqldb.jdbcDriver" />
<property name="javax.persistence.jdbc.url" value="jdbc:hsqldb:hsql://localhost:9999/nomedomeubanco" />
<property name="javax.persistence.jdbc.user" value="sa" />
<property name="javax.persistence.jdbc.password" value="" />

RESUMO DE ARQUIVOS

gui.bat ( inicialização da interface gráfica )

set HSQLDB_HOME=C:\opt\hsqldb-1.8.1
java -cp %HSQLDB_HOME%\lib\hsqldb.jar org.hsqldb.util.DatabaseManagerSwing

server.bat ( inicialização do servidor )

set HSQLDB_HOME=C:\opt\hsqldb-1.8.1
java -cp %HSQLDB_HOME%\lib\hsqldb.jar org.hsqldb.Server

server.properties ( configurações do servidor )

server.port=9999
server.database.0=file:C:/opt/hsqldb/databases/meubanco/data/files
server.dbname.0=nomedomeubanco